Mitgliedsvereine und Sektionen
Die Basis des Verbands bilden seine Mitglieder; dies sind nicht Einzelpersonen wie in einem Verein, sondern die Vereine selbst. Sie sind vertreten durch ihren Vorstand im juristischen Sinn (derjenige, der offiziell den Aufnahmeantrag stellt und für die Verpflichtungen dem FAB gegenüber haftet). In der Praxis können viele Angelegenheiten vom Abteilungsleiter abgewickelt werden, der die Aikido-Abteilung auch in den entsprechenden Organen des FAB vertritt.
Jeder einzelne Verein wird bei seiner Aufnahme einer Sektion zugeordnet. Derzeit gibt es im FAB acht Sektionen (in alphabetischer Reihenfolge: Aikikai, BdAL, Jiyu Ryu, Stiftland, Takemusu Aikido, Tendo Ryu, Yoshinkai und Sonstige). Sie repräsentieren jeweils eigene Stilrichtungen und sind eigenständig hinsichtlich Sportverkehr, Lehrgangswesen, Bundesverbandszugehörigkeit, Graduierungen/Prüfer. Auch die der Sektion gemäß ihrer Mitgliederstärke (Einzelmitglieder der Aikidoabteilungen) zustehenden Finanzmittel werden eigenständig verwaltet. Dennoch ist die Sektion keine eigenständige juristische Person (also keine eigener Verein), sondern Teil der Verbandsstruktur.
Jahreshauptversammlung (JHV)
Die Hauptversammlung ist das wichtigste Organ des FAB. Sie setzt sich zusammen aus den Vertretern der Mitgliedsvereine (pro Verein maximal 2 Vertreter), mit einer Stimmgewichtung gemäß Abteilungsgröße (1 Stimme pro angefangene 50 Aikidoka). Außerdem nimmt das Präsidium an der Hauptversammlung teil.
Aufgaben der JHV: Genehmigung des Haushaltsplanes, Entscheidung über Anträge, Mitgliedsbeiträge, Entlastung des Präsidiums, Neuwahl des Präsidiums nach Ablauf seiner Amtsperiode etc.
Präsidium
Das Präsidium kümmert sich um die Erfüllung der satzungsgemäß vorgegebenen Verbandsziele und vertritt den Verband nach außen. Im juristischen Sinn wird der FAB durch den Präsidenten und die beiden Vizepräsidenten vertreten, d. h. nur diese drei Personen können wirksame Rechtsgeschäfte für den Verband tätigen. Das FAB-Präsidium umfaßt außerdem noch die Ämter Schatzmeister, Generalsekretär, Vorsitzender der Verbandsjugendleitung, Referent für Fachübungsleiterausbildung, Referent für Öffentlichkeitsarbeit. Diese nehmen vor allem Aufgaben im Innenverhältnis des Verbandes wahr.